Jak se to "selhání aplikací" projevuje?
Co nazýváš "čistou kopií systému"?

.NET Framework ve verzi 3.5.1 je součást Windows 7. Pokud nějaký program potřebuje jinou verzi (např nejnovější 4.5 či starší 2.0), lze ji kdykoliv bez problémů doinstalovat. Instalačku odpovídající verze lze samozřejmě stáhnout přímo od MS.

Runtime knihovny MS Visual C++ lze taktéž kdykoliv doinstalovat (opět jsou k dipozici na webu MS), různé programy mohou potřebovat různé verze (např C++ 2008 32bit, C++ 2012 64bit apod.), záleží na tom, v které verzi Visual Studia byly zkompilovány. Některé programy mají odpovídající Runtime C++ knihovny přibaleny v instalačce a pokud tuto verzi v systému nenajdou, rovnou ji nainstalují.

Shrnutí: požadované verze obou programů lze kdykoliv bez problémů doinstalovat. Jaký máš tedy opravdový problém?