A ty konce odstavců nikde jinde nejsou? Jinými slovy v tom dokumentu nejsou odstavce? Nebo jsou udělány jako dva konce odstavců za sebou ("vynechané řádky").
Protože jinak to asi hromadně nepůjde - aby normální odstavce zůstaly a ty předčasně ukončené řádky ne...
Právě jsem to zkoušel v PS-padu 4.5.4 a opravdu ne žeby je nenašel, on je najde, ale nenahradí.
Zkus jiný program, třeba EditPlus to zvádá bez problémů (konec odstavce je v regulárních výrazech \n)
Případně stejnou službu udělá i Word nebo jakýkoliv jiný vyšší editor...