Pokud jsi klonoval na úrovni oddílů a ne souborů (což předpokládám, jinak by ti nenaběhl Windows), tak to formátování nemělo na nic vliv a přepsalo se.

Hele buďto jsi si jist, že to máš správně a pak to reklamuj (ale uděláš ze sebe ichtyla) a nebo:
- zazálohuj data
- nech disk v ahci
- pusť instalátor windows
- odstraň všechny oddíly na SSD
- vytvoř nový oddíl (nebo to nech na windows) a do něj nainstaluj čistý OS
- doinstaluj ovladače základní desky
- obnov data ze zálohy

Teprve potom má cenu to ladit, pokud to nebude OK (jakože to OK bude). Nikdo neví, v jakém stavu byl ten klonovaný OS (tím neříkám, žes ho měl rozvrtaný, ale víme, jak se windows dokáže sám od sebe posesouvat).

Bude to rychlejší a přínosnější, než se teď pokoušet o znovuzarovnávání a hledání bottlenecku.