Jenom drobnost, když přeinstaluju systém na ssd, tak programy co jsou na druhém disku budou po reinstalu fungovat?

Nebudou, ta nová instalace o nich nebude "vědět".
Nejlepší je instalaci dělat tak, že se systémový disk zformátuje a nainstaluje se to načisto včetně programů. Jen dodám, samozřejmě všichni všechno zálohují, je dobré udělat si ze systému zálohu některých věcí. Třeba záložky v prohlížeči a podobně. O datech nemluvím, to je snad jasné