Ten vir jsi ty.
Soubory videa nebývají skryté. Je taky možný, že jsi zkopíroval jen zástupce.
Spusť Total Commander a na fleš je zkus najít.(*.avi,*.mp4, .....)

Nebo jsi vložil fleš do jiného USB portu (na 99.9%) a změnilo se ti tak písmeno zdrojové jednotky a protože zástupci odkazovali na neexistující cestu k souboru, byli ve VLC odstraněny z knihovny médii ( potom stačí vložit fleš do USB a spustit VLC - knihovna se zaktualizuje. Když ne, tak to udělej manuálně.