Podobnou věc jsem u jednoho známého vyřešil tak, že se do PC přidal další HDD a na něm se udělala další čistá instalace OS (s odpojeným původním HDD). Pak se původní HDD opět připojil. Poté se nakonfiguroval BOOT v BIOSu tak, že systém startuje z původního HDD. Pokud je potřeba spustit systém z druhého disku, stiskne se po zapnutí PC "F10", čímž se vyvolá BOOT menu z BIOSu a vybere se ten druhý disk (to jestli se bude jednat o klávesu "F10" nebo jinou, závisí na konkrétní základní desce). Navíc je v obou kopiích OS ve správci zařízení zakázán disk s druhým OS, takže nehrozí, že by případná infekce jednoho OS ohrozila ten druhý.
Případně by ještě šel přidat třetí disk, který by mohl být přístupný z obou OS (pro přenos dat mezi oběma systémy).