Nevím, co je hlavní a co vedlejší explorer. Ja mám jen jeden.
Problémy by mohl dělat spyware, doplňky, doinstalované do IE (Explorer a IExplorer uzce spolupracují) popř. nějaký vir.

Zkontrolovat počítač na viry a spyware (nejlépe v nouzovém režimu)
Zredukovat věci, spouštějící se po startu
V IE snížit místo na dočasné soubory internetu na asi 20MB (je to v nastavení IE)

Zkontrolovat velikost profilu (adresář \Document and settings\jmeno). Pokud je tam hodně souborů, mohlo by to dělt problémy. Hlavně podadresář Plocha. Tam bys měl mít jen odkazy, ne tisíce dokumentů a souborů