Záleží to na programu.
Pokud program není napsán, aby běžel skrytě, těžko jej skryješ natavením v registrech.

Některé programy můžeš spustit jako službu (pokud se s tím vyrovnají). Na to existují nástroje přímo od MS. Program, který po startu zobrazí okénko a bude čekat na stisk klávesy jako služba napojede.

Každopádně to uživatel uvidí v seznamu procesů, pokud se v něm vyzná.