Jak píše zejména Rce, klíčem je použít neautomatické nastavení, toto umí většina samostatných scannerů, jmenovitě určitě Canon a uměly to i starší HP (aktuální nevím).

Pokud řešíš masové skenování, tak lepší než multifunkce je profesionální dokumentový scanner s ADF, který lze většinou velmi dobře přednastavit na potřebné využití. Například: http://www.canon.cz/scanners/document-scanners/ima geformula_dr-c240/