kontrolu souborového systému pak zvládne i windows, to už jsi mohl mít hotové.
http://www.domaciajtak.cz/navody/jak-ziskat-vice-m ista-na-disku-c-win-xp/kontrola-disku.jpg
jestli zatrhávat i kontrolu vadných sektorů záleží na tobě - podle toho jak jsi s tím diskem zacházel.