myslím že je problém že na disku je nastavený windows na D:

tak určitě.
nepíšeš verzi windows, jak jsi měl uspořádaná média při instalaci, na jakém oddílu skončil přeinstalovaný systém, co je to za verzi win. od visty je totiž systém vždy na c:

žádné formátování a přeinstalace, mám tam důležité soubory a další disk ... nemám.

pokud chceš tvrdit, že teď máš windows na 3 discích/oddílech, tak se prober.
screen ze správy disků umí třeba boot cd hirens.