Muxovat = spojovat různé zdroje do jednoho balíku
video.avi+zvuk.mp3+titulky.srt=vsechno.mkv
Takže se nesnaž nacpat natvrdo titulky přímo do videa ale přidej je do výstupního souboru, aniž by se video nebo zvuk jakkoliv měnily (překódovávaly). Pak nepřijdeš o kvalitu...