Takže jak obvykle, musím si poradit sám. Nevím, jestli je to přesně to, co potřebuji, ale když v OneDrive-Nastavení-Automatické ukládání-Aktualizovat složky zruším ochranu dané složky, tak se přestane automaticky synchronizovat, ale přitom jiné chráněné složky se normálně synchronizují a do nechráněné složky mohu ručně kopírovat a mazat vybrané soubory bez toho, aby to mělo nějaký vliv na soubory na disku!