V prvom rade by som si overil, či sú tie titulky "na pevno" - program mediainfo to ukáže...
Ak nie sú na pevno:
1. skúsil by som iný prehrávač, ktorý nepotrebuje externé kodeky (balíky) - VLC, PotPlayer...
2. na záver by som vyextrahoval titulky z mkv programom mkvextract (balík mkvtoolnix) - zmenil kódovanie titulkov a zmenené "pribalil" do pôvodného mkv...