Proto ti radil, abys zkusil jiny prehravac jako treba VLC, GOMplayer nebo SMplayer. Nebudou-li tam titulky fungovat tak, potom je jasne, ze to domrvil ten co delal to MKV, to jest slozil do jednoho kontejneru video, audio a titulkovou stopu.
Samozrejme pokud si vyextrahujes ty titulky, tak se muzes v libovolnem textovem editoru podivat, jestli jsou OK nebo tam jsou nejake spatne znaky, potom by byl problem v samotnych titulcich, ale pravdepodobne se titulky daji sehnat zvlast neposkozene.

Proste nekde je nejaka chyba a je na tobe si s tim pohrat a vyresit to, tady neni moc co radit, vsechno to jsou trivialni zalezitosti.