Takže si odpovím sám, podle https://social.technet.microsoft.com/Forums/window s/en-US/8dcb6432-6ae0-4816-92e8-2599e5e638f5/roboc opy-hides-destination-directory?forum=w7itprogener al se tak děje proto, že při zkopírování souboru Systém Volume Information do složky se složka stane systémovou a skrytou. Lze to vyřešit přidáním klíče /A-: SH do příkazu ROBOCOPY při kopírování, který ale zruší systémový a skrytý atribut i u podsložek a souborů nebo použitím příkazu ATTRIB -A -S- -H Cíl po kopírování, který zruší systémový a skrytý atribut jenom u složky Cíl.