Akurát dnes som mal stejný problém... Film v mkv = 12GB, FullHD, trvanie 2 hod, vysoký dátový tok, moja flash FAT32... No čo s tým?
Flash nemienim prerábať na NTFS (dôvody nech sú Vám okradnuté... ).
Takže čo? Vyhodil som druhú eng. zvukovú stopu, titulky (netreba, film je s dabingom), kapitoly - sú mne na ho*no...
Veľmi som si nepolepšil, cca 11GB z toho ostalo...
Tak som sa nasral a prehnal som to cez ffmpeg do mp4, výsledok = 2,1GB v rovnakej kvalite a môžem čumieť.