Systémová data ani tak nepotřebuji, v případě potřeby si nainstaluji čistý systém nebo použiji systémovou Recovery

připravovat zálohy a vyignorovat se na systém nedává smysl. samozřejmě je to trochu obtížnější v případě, že na jednom systémovém oddílu leží data se systémem na společném hnoji.
1) co nejvíc očištěný systém z toho jde dostat buď reorganizací dat,
2) nebo hledat zálohovací program, který má parametr exclude pro adresáře. (možná to umí všechny, nevím)
image celého systému stačí dělat jen občas, nejstarší image pak mazat.

jde mi jenom o uživatelská data

1) na to stačí xcopy a sledovat/logovat přitom errorlevel. ale pokud to děláš na používaném systému, zákonitě musí kopírování používaných souborů selhat - snad se dá s uživateli domluvit, jak se mají u záloh chovat.
2) nebo využít nějaký ten imagovací program, který dělá zálohu na pozadí, a parametry exclude tentokrát vyloučit celý systém. nedostaneš ovšem jednotlivé soubory, ale nějaký image soubor, který ten program umí přimapovat jako disk.
netuším proč trváš na třídění zálohovaných souborů - tak buď děláš zálohy, nebo zkoušíš druhou kopii systému.

ale chci tam mít i všechny uživatelské nastavení programů, poštu, historii chatů Skype, Viberu, Telegramu a pod.

nastavení je buď v appdata v uživatelských adresářích na systémovém disku, nebo v registrech (hkcu\software\sw... - dá se vyexportovat). ale to si musíš pro každý soft najít sám.
pak uděláš offline zálohu/image adresáře c:\users\uživatel
1) xcopy bude často selhávat na používaných souborech s nastavením
2) imagovací soft použije třeba službu stínová kopie a udělá zálohu i za běhu (s hkcu větví registrů a dalšími otevřenými soubory), ale ukládá data do image.
3) nebo konečně odstěhuješ data a downloady pryč z c:\users, viz výš, a zimaguješ/offline zkopíruješ celý zbylý users adresář jen s nastavením

Jak jinak dokáži porovnat a smazat duplicitní soubory?

to je zbytečný problém, který se zálohováním nijak nesouvisí, není jasné proč to sem cpeš.
to si má uživatel vyřešit na svých datech dávno před zálohováním.