Opět nechápu co řešíš.
Nastav bootování z druhého disku napevno a uprav si GRUB, aby zaváděl Windows z druhého SSD.
Něco jako:
title Windows
map (hd0) (hd1)
map (hd1) (hd0)
rootnoverify (hd1,0)
makeactive
chainloader +1
boot