defragmentace může ušetřit vteřiny při načítání souborů. s minutovými prodlevami při vypínání win pochopitelně nemá nic společného.
stejně tak "čistění" registrů různými doporučovanými nástroji od známých je většinou k ničemu, občas i ke škodě.

-spusť si správce úloh (ctrl+alt+del), podívej se na vytížení jednotlivých procesů - jde to setřídit podle %. pokud nebudou mít v klidu, i když je pc připojen na net, nečinné úlohy kolem 95%, je skoro něco špatně.
-ve start - spustit - spusť msconfig.exe, podívej se co všechno za zbytečnosti ti nabíhá po startu, a povypínej je (když tušíš o co jde).
-předpokládám že otestovat disk na viry/spyware umíš.
-normální je mít vypnutou položku: ovládací panely - možnosti složky - zobrazení - automaticky vyhledat síťové složky...
-tohle je taky zajímavé: http://pc.poradna.net/question/view/124547-dlhe-vyp inanie-windows-xp#re-124562 - no jo, tvůj původní dotaz, kolikrát ho ještě založíš?
-jakou máš přesně verzi windows + servisní pack? (nějaké okno - nápověda - o windows)