.gz je archív obvyklý u linuxu.
jestli jsi nastavil nějakou automatickou detekci souborů a rstudio se jen snaživě domýšlí, co tam je za typ a přiřazuje vadné koncovky, asi máš víc škody než užitku.
kromě .gz používají interní zip-komprimaci i dokumenty office: .docx, .pptx, ...

ale je fak otázka, jak reálně se povedla restaurovat struktura souborů a co z toho vypadlo.