1.chyba: windows od visty používají obrovskou diskovou cache, která je spoluzodpovědná za nedokončený zápis a ničení souborového systému na usb médiích. je to tím, že windows neovládají vlastní diskovou cache - skvěle to vidíš na krámech s ledkou, funkčních ještě několik vteřin po "bezpečném odpojení" ve windows.
2.chyba: uživatelé externí disk buď vůbec neodpojují (windows ikonu default schovává), nebo ho odpojí, ale dnešní velké nacachované disky okamžitě vytáhnou.

tvůj problém je předpokládám klasický následek 1.+2.
u flashky to obvykle znamená vyhození, u klasického magnetického disku jde zkusit obnova obvyklými programy (testdisk, recuva)
jestli ten disk nevidí ani správa disků, spustil bych testdisk. počítej s tím, že nemá nejpřehlednější ovládání.