Píšeš, že potřebuješ nástroj. Jaké máš základy pro to, abys jakýkoliv nástroj pro návrh aplikace uměl použít? Máš třeba nějaké znalosti UML?
Tam je totiž několik úrovní - od obecné (use case diagram), kde popisuješ chování systému až po popis, který požaduješ. Můžeš zkouknout třeba zde:
http://www.itnetwork.cz/navrhove-vzory/uml/uml-uvo d-historie-vyznam-a-diagramy/

Tady je pár dalších nástrojů:
http://www.analytik.cz/nastroje-pro-kresleni-uml-d iagramu-ktere-jsou-zadarmo/