V čem nakreslit návr aplikace

Čemu přesně říkáš návrh? Protože na aplikaci můžeš nahlížet z mnoha pohledů a každý bude mít svůj vlastní návrh.

Potřebuji nakreslit celý systém a pak podle toho začít programovat. Chci vidět kdo kde co volá ( class, metody, funkce atd..).

Tak třeba v tomhle: https://www.visual-paradigm.com/solution/freeumlto ol/

Píšeš, že potřebuješ nástroj. Jaké máš základy pro to, abys jakýkoliv nástroj pro návrh aplikace uměl použít? Máš třeba nějaké znalosti UML?
Tam je totiž několik úrovní - od obecné (use case diagram), kde popisuješ chování systému až po popis, který požaduješ. Můžeš zkouknout třeba zde:
http://www.itnetwork.cz/navrhove-vzory/uml/uml-uvo d-historie-vyznam-a-diagramy/

Tady je pár dalších nástrojů:
http://www.analytik.cz/nastroje-pro-kresleni-uml-d iagramu-ktere-jsou-zadarmo/

Chlapy díky moc, jdu se tím prokousat

Já nedám dopustit na draw.io

Ja používam PlantUML. Môžeš si to vyskúšať priamo onlajn a existuje na to aj kopa pluginov do rôznych aplikácií.

Výhoda je, že diagramy píšeš v textovom tvare, takže sa s tým dobre pracuje - jednoducho vieš porovnávať zmeny, funguje to dobre s gitom alebo SVN. Nevýhoda je, že nemáš úplne pod kontrolou rozmiestnenie elementov, takže stredne veľké a väčšie diagramy sa v tom robia ťažšie tak, aby vyzerali presne podľa predstáv.

Môj názor je, že diagramy nemajú byť príliš veľké a ak taký prípad nastane, tak ich treba rozdeliť do menších, takže s týmto tak často problém nemám.

Nevím, jestli má smysl zacházet až do definice tříd. Tohle má smysl pouze v případě, kdy pak aplikaci udržuješ v UMS nástroji a zdrojový kód generuješ. Jinak je to pak dvojí práce - udržovat kód a udržovat diagram.
Většinou si vystačíš s Use Case diagramem, kde si ujasníš chování aplikace z pohledu uživatele, dohodnete si procesy apod.
Návrh aplikace co se týká tříd apod. už pro uživatele není, může sloužit jako dokumentace při programování na zakázku, ale stojí to spoustu práce, kterou musí zákazník zaplatit.