Dobře, takže víme, že k odstranění z indexu potřebujete 404. Taky víme, že nyní stránky posílají 302. A víme i to, že 302 posílají proto, že

ale presmeroval som neexistujuce odkazy na hlavnu stranku

Takže řešíme co? Dokud tam budete mít redirect, povede to k 302 a Google si je v indexu nechá. Zakázat indexování určitých adresářů můžete třeba tím, že do .htaccess vložíte:

Header: "X-robots-tag: noindex"

a soubor zkopírovat do adresáře, který si nepřejete mít Googlem indexován, ale to opět nevede k tomu, že ty již indexované stránky zmizí z vyhledávání (alespoň ne hned).