jenom ze zvědavosti: když ten usb disk s nulovými soubory připojíš k nějakému live linuxu, taky ukáže stejné skryté zabrané místo?
šla by na to sice poštvat kontrola disku / chkdsk, ale taky není jisté, že windows jen neopraví údaj o volném místu a k někde schovaným souborům už definitivně nebude přístup.
na počítači, kde se to provádělo, bych nechal běžet memtest. pro jistotu, jestli je v pořádku.
dalším vysvětlením by mohlo být, že souborový systém cílového disku byl poškozený už před kopírováním (to jsou ti odpojovači usb za chodu) a tento přesun do nikam je výsledek.
ten zmiňovaný testdisk je dobrý nástroj - ale ne na degenerovaném "passport" disku s omezeným usb přístupem.