Porovnávanie tabuľky môžeš zmeniť tak, že po výbere tabuľky klikneš na záložku Operácie. Kódovanie tam však zmeniť nejde (možno to doplnili v novšej verzii, než ktorú tu mám nainštalovanú).
Kódovanie a aj porovnávanie tabuľky môžeš nastaviť pomocou SQL príkazu:
ALTER TABLE ... DEFAULT CHARSET ... COLLATE ...;
Takže ak to chceš nastaviť pre celú databázu, spusti takýto SQL príkaz pre každú tabuľku. Pred spustením by som dáta určite zálohoval.