HDD jako takový normálně funguje, ale pak se kvůli němu nevypne počítač? Spíš bych řekl, že je problém někde v OS. Jak jste k instalačce Windows přišel?
Připomíná mi to starý PC z 90. let s Win98, kde jsem po vypnutí musel čekat na hlášku, že ho můžu vypnout. Pak se jen vymáčklo tlačítko napájení ale to se Vás samozřejmě netýká.