Jsou to textové PDF nebo nějaké skeny jako bitmapy? Pokud textové, zkopírovat přes schránku třeba do PSPadu a v něm porovnat.

Taky by možná šlo porovnat soubory v Total Commanderu (Soubor -> Porovnat soubory), pokud se soubory liší jen o 4 bajty, to bude nějaký rozdíl v hlavičce, ne v obsahu.

Když jsem se zeptal strejdy Googla, vyplivl toto:
https://helpx.adobe.com/cz/acrobat/using/compare-d ocuments.html