Hledej někde ve schématech napájení, zda nemáš aktivní vypínání disků po jisté době. Pokud ano, zruš to.
Zřejmě je při instalaci Windows zmaten z přítomnosti jak SSD tak HDD a pokusí se "vypnout" SSD. A pak ho po "jakoby-restartu"* nevidí.
Zkusil bych HDD odpojit a nainstalovat Windows jen na SSD - bude to taky dělat? Pak přípoj HDD - bude to zlobit?

*"jakoby-restart" - záleží na tom, co MS považuje za restart; tuším uživatel MM na to často v různých vláknech upozorňuje...