kromě win+r... jde spustit cmd.exe dalšími způsoby:
program v průzkumníku v system32, nabídka v menu start, ikona zástupce v lepších správcích souborů

tvoje problémy vypadají jako systém zahnojený nekompatibilními shell extensions:
- odinstalovat zbytečnosti a pochybné doplňky / nabídky v menu na pravý klik
- odspywarovat pc
- zkontrolovat v ShellExView, jaké doplňky ještě zůstaly
- nemáš na ploše .exe programy nebo multimediální soubory, kterým se systém věnuje obzvlášť?