Při takovém sloučení ti nepojede většina programů (mají odkazy na adresáře a knihovny na disku D:) a bude mít problém i systém.

Co se týká sloučení, musel bys:
1. odstranit primární oddíl (C:)
2. roztáhnout druhý oddíl až na začátek (když se hýbá se začátkem oddílu, je to práce na několik hodin podle množství dat) a pak z prvního oddílu udělat primární.

O MBR přijdeš, ale není problém jej obnovit pomocí nastartování z instalačního CD do recovery console pomocí příkazů FixMBR a FixBoot.
Ale jak jsem psal na začátku, způsobíš si tím hodně problémů