protože v registrech je polovina cest natvrdo zapsaná s cestou d:\..., po zrušení C: si prakticky zničíš windows - mám za to že windows bez první partition si při startu přejmenují systémový disk na C:, ale možná je to jen urban legend
obsah boot.ini zvládneš přeeditovat: multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
taky můžeš c: zachovat jako oddíl, pouze zmenšit třeba na 9-999mb.
boot.ini, ntldr, ntdetect.com můžeš překopírovat na d: a nějakým partition nástrojem/fdiskem označit jako bootovací d: