svým vypínáním asi jen poškozuješ záznamy o souborech na disku (mft), ale to je tvoje věc.
obvykle za to může nějaká síťová služba nebo komunikační program, co se furt nechce ukončit.
taky můžeš nakouknout do eventlogu eventvwr.exe, co je před vypnutím napsané za chybu.
když na nic nepřijdeš, mohlo by se to obejít zástupcem pro bruteforce vypnutí, snad funguje i pod w2000: shutdown -s -f -t 0 (ověř v helpu)

tak jsem se teď díval, že w2000 shutdown snad neznají, pohledej psshutdown od bývalých sysinternals.