Moc zkušeností s Linuxem nemám..
1. Je jedno kde bude nainstalováno, může být na jiném disku i partition
2. Já to řešil výběrem systému přes F8 pro jednoduchost (samostatný disk) - naprostá nezávislost obou systémů, dá se použít třeba Xosl
3. Ubuntu (Kubuntu) čte Fat32 i NTFS, na zápis pro NTFS musíš použít program
http://wiki.ubuntu.cz/Podpora_z%C3%A1pisu_pro_NTFS

Kubuntu mě zachránilo když mě odešla deska a na disku C s win byla data, o které jsem nechtěl přijít. Na rozdíl od win jsem se s ním k těmto datům bez problémů dostal (jiný chipset desky).