máš sice windows puštěné z d: (druhá instalace), ale ony při startu používají soubory z rootu disku c: - poznáš to podle toho, že ve správci disků stále zůstává c: jako aktivní.
čili kdyby se ti podařilo smazat c:, nenabootuješ ani windows na d:

jde to zálohou těch souborů z c:\*.* sice ošetřit, zkontrolovat/editovat i d:\boot.ini a přesměrovat bootovací=aktivní disk na d:, ale člověk musí tušit co a čím dělá.