Rozhodně bych si disk rozdělil na více logických disků jejichž kapacita nepřesáhne tuto hranici.
Udělej (jestli máš možnost) to na nějakém stroji, který ten disk uvidí úplně.

Používat ten disk bude určitě možné, ale pozor na to správné rozdělení jak jsem psal.
Protože pokud to tak neuděláš tak můžeš přijít o data (začnou se ti po přesažení hranice přepisovat na začátku disku data i když to bude podle všeho vypadat, že se připisují do volného místa).

//Edit
a jak píše Lední brdník. Zbylé místo nech nenaformátované (zbylou jednotku) aby na to místo nemohl zapisovat ani Windows.
Protože Windows si například vytváří různé swapovací soubory či tempy, které potom mohou bez tvého vědomí
zapisovat i nezanedbatelně velká data na ten disk (pokud bude přístupný) a můžeš se dočkat nemilého překvapení.