jsem líný to celé číst
bootmanager 3. strany by ti něco takového dovolil automaticky: skrývání oddílů, každý os má svůj vlastní=bootovací oddíl nezávislý na ostatních.

tvé zdůvodnění že mbr byl nahrazen nechápu - to bylo úmyslně? omylem? je to vydáváno za zabezpečení? nejspíš stačí nabootovat z instalačního cd windows xp a spustit fixmbr.
pokud jde o to dostat se k "nepřístupným" instalacím, možností je více, i když nevidím smysl kryptování (aby se oddíl tvářil neviditelný)?
ale to jsou jen řečnické otázky, pokud nutně potřebuješ k bootování windows flashku, doporučil bych to raději toto:

včera vyšlo v novinách dvd jára cimrman ležící, spící. (mistr byl také průkopníkem slepých uliček)