naformátovat... ale jakým filesystémem?

obecně se to dělá tak, že se formátuje na ext2/3 nebo RaiserFS. Např. ext3 naformátuješ pomocí mke2fs -j /dev/hdYX (platí pro IDE disky, jinak např. /dev/sdYX), kde Y je a..z (tj. označení fyzického disku) a X je 1...11 (označení oddílu)

samozřejmě můžeš použít mkfs (obecný formátovač), ale pak musíš pomocí přepínače -t říct, jaký filesystém se má použít.