C:\> help attrib
Zobrazí nebo upraví atributy souboru.

ATTRIB [+R | -R] [+A | -A ] [+S | -S] [+H | -H] [jednotka:][cesta][název_souboru]
       [/S [/D]]

  +   Nastaví atribut.
  -   Odstraní atribut.
  R   atribut souboru Jen pro čtení.
  A   atribut souboru Archivovat.
  S   atribut souboru Systémový.
  H   atribut souboru Skrytý.
  [jednotka:][cesta][název_souboru]
      Určuje soubory, u kterých chcete zpracovat atributy.
  /S  Zpracuje odpovídající soubory v aktuální složce
      a všech podsložkách.
  /D  Zpracuje také složky.

nastav si k těm adresářům přístupová práva, ať je uživatelé s omezenými právy mohou jen číst, ale ne do nich zapisovat.
ve vlastnostech složky zatrhni, zda chceš (ne)vidět skryté / systémové soubory.
pokud máš na pc uživatele kteří spíš škodí, dá se jim buď právy k adresáři nebo politikou v registrech zakázat spouštění total commanderu.

pokud máte všichni jediný = administrátorský účet, anebo jsou děti schopnější než dospělý administrátor, pak se snažíš zbytečně.
a jestli jsi jediným uživatelem/administrátorem ty sám a máš potíž s .bat soubory, pak pomůže jedině první rada - zamalovat fixem.