Pro veškerou práci s kontejnerem MKV používej mkvtoolnix http://www.matroska.org/downloads/windows.html -mkvmerge-otevřít(mkv),append(titulky),druhý titulky můžeš vypnout,muxing.
ALe tvoje DVD určo mkv nepřehraje,a tyhle schopnosti (více videí,hafo audio stop,tunu titulků,kapitoly)umí díky kontejneru mkv.Zvolil bych jednoduchý postup-pomocí MKVextractGUI bych vyextrahoval video/audio z kontejneru mkv a potom pomocí jakéhokoliv dělátka DVD bych vyrobil klasické DVD video včetně titulků (convertxtodvd).