Nevidím žádný problém. Pokud se přenese "jedoucí" OS na jinou particii, před zahájením přenosu se nechá tato particie prohlásit za "primary" a po jejím přenesení se navíc uvede do stavu "active" - SW Acronis Disk Director Server (nebo Suite, když nejde o Visty), ale podobná kouzla umí i Ghost spolu s Gdiskem nebo Partition Magic - bude prováděn boot naprosto pohodlně.