Důležité je, vybrat správnou desku - abys např. nekoupil full ATX a neměl microATX bednu, abys nekoupil desku s PCI-E slotem a neměl AGP grafiku, abys nekoupil desku s DDR2 paměťmi a nechtěl do ní dát DDR1 paměť atd...

Výběr desky rozhodně nepodcenit, od ní se odvíjí stabilita, možnosti rozšíření a další věci.

Pokud už máš desku vybranou nebo koupenou, na její výměně není nic tak moc těžkýho - vše je uvedeno v manuálu, nic nikam nervi silou, před zapnutím důkladně zkontroluj správnost zapojení, aby někde nebyl zkrat nebo něco špatně zasunutého.

Při instalaci procesoru samozřejmě nezapomenout použít teplovodivou pastu.

Co se týče přeinstalace Windows, taky žádná věda - nabootovat z CD a řídit se pokyny na obrazovce. A hlavně mít vše zálohované, jak jsi sám správně podotkl. Nejenom data, ale i např. hesla k programům, webovým stránkám, maily, adresář, historii ICQ, a podobně.

Když budeš mít nějaký konkrétní problém, tak se klidně ptej.