Bože můj - ty tam toho máš v "po spuštění".NN to pdf pokud se otevře v programu v kterém má,tak je to v pořádku.
------

než se soubor začne otevírat na chvilku toto okno vyskočí a zase zmizí

Dokázala bys rychle přečíst název okna?Třeba v tvém prvním obrázku je to c:windows\system32\cmd.exe ,jestli by tam bylo něco jiného,stačilo by jen ten konec,eventuelně jestli v černém okně neprolítne nějaký text - tím by se dal určit původce spuštění přík. řádku.
------
Další možností je:
Start
Spustit

eventvwr.msc

Tam bych se pokus vyzjistit nejaké chybové hlášení vstahující se k tomuto problému.
----
A v neposlední řade : bude spuštěný program,který je porouchaný,v konfliktu s jiným,zbytečný.Pokus se přehodnotit spouštění Po startu a ubrat na blbostech ,který nepoužíváš.