dej si zobrazit časy jádra (červená linka v grafu) - pokud kopíruje červená zelenou, jedná se opravdu o nějakou "jadernou" operaci, typicky práci s diskem. V takovém případě zkus zobrazit procesy ostatních vlastníků, speciálně Systému.
Ještě mě napadá, zda máš ten disk v režimu DMA. Pokud by jel v PIO režimu, tak by to celkem bylo jasné.