zálohuj si na flashku celý tvůj profil.
bohužel pokud máš microsoftí mánii strkat si do profilu i desítky gigabajtů dat, pak ti pomůže jen pánbůh.

přístup k nainstalovaným certifikátům je přes nastavení prohlížeče - dají se také vyexportovat

ale pokud ti nějaký amatérský bastlič neinstaluje windows přes nlite/vlite, pak ani nemůžeš mít jen částečnou (nekorektní) instalaci jak tvrdíš - windows se při instalaci na nic neptají a nainstaluje se všechno.