obnovou systému můžeš vrátit jen změny, které nastaly v tvém systému (=windows). na nějakou fedoru a její bootloader to nemá žádný vliv.

protože nepíšeš co ti to píše po startu a případně na co to čeká, dá se odpovědět jen obecně.
odinstalace zavaděče linuxu (grub?) je prý možná, ale když sis s tím neporadil ty jako root, tak to prostě opravit přes windows: nabootovat z instalačního cd windows, zvolit konzolu zotavení, přihlásit se jako administrator a zadat příkaz fixmbr. restart. pokud to nepomůže, musíš dát podrobnější výpis chování.

automatické přihlášení do systému se dá naklikat třeba přes tweakiu, nebo start / spustit / control userpasswords2