Klidně udělej "rychlý" formát, který ti ty složky na dané partici bez problémů vymaže. Pokud jsem dobře rozumněl tomu, co chceš, tak naprosto nemám ponětí o co ti jde. Jde ti o to, aby ti tam nějaké složky, které k OS nepatří, zůstaly? Tak je nejprve odkopíruj a máš vystaráno.