Bootovat ze SATA samozřejmě půjde, všechny dnešní počítače bootují ze SATA. Jen je třeba použít na začátku instalace správné ovladače (u starších desek) nebo správně nastavit SATA v BIOSu na legacy IDE (u nových desek).
Nezdá se mi že by C bylo úplně prázdné. Nejsou tam nějaké skryté systémové soubory ? Pokud ne a systém je na D,E atd. tak chyba nastala asi při klonování-je potřeba klonovat disk, ne partition. Pokud se kopíruje partition, cílový disk se přejmenuje na jiné písmeno než C a nedá se s tím nic udělat. Takhle to alespoň funguje v Ghostu, Acronis si teď nedokážu vybavit.