"špatná adresářová struktura" se nevytvoří sama, k tomu jí musí někdo pomoct - možná pády systému způsobené nekompatibilními moduly ram, možná uživatel vypánající pc natvrdo, možná nějaká hloupá padající aplikace, možná přehřívání jak už kolegové psali. když používáš seagate, taky si zkontroluj teplotu disků (zapnout smart v biosu).
ten delší čas naběhnutí obrazovky "vítejte" je ostatně stejný příznak: pokud bys měl v boot.ini vypnutou hloupou grafiku s logem, viděl bys že tam po minulém pádu systému či aplikace a nekorektním zápisu na disk probíhá kontrola disku.

čili to zpomalení po chvíli chodu bych nejspíš viděl na přehřátí procesoru díky ucpanému chladiči (nakonec systém nebo nějaká aplikace spadne), ale zkontroluj všechno i co ti psali kolegové.